Bioinformatika

A. pengertian Bioinformatika

Bioinformatika adalah penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

B. Sejarah 

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan Internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

C. Perkembangan Bioinformatika

Studi Bioinformatika mulai tumbuh sebagai akibat dari perkembangan berbagai metode sekuens baru yang menghasilka data yang sangat banyak. Hal tersebut, secara kebetulan, didukung pula oleh teknologi penyimpanan, manajemen, dan pertukaran data melalui komputer. Inovasi dalam pemetaan dan sekuensing memiliki peran penting dalam proses pengambilan data biologis. Penggunaan Yeast Artificial Chromosome (YAC), sangat membantu dalam konstruksi peta fisik genom kompleks secara lengkap (Touchmann & Green, 1998). Untuk mengklon fragmen-fragmen DNA besar (sekitar 150.000 pasangan basa) digunakan bacterial Artificial Chromosome (BAC).

Kemungkinan, teknologi yang paling banyak kontribusinya adalah teknologi PCR. Walaupun tergolong tua (PCR ditemukan tahun 1985), meode ini sangat efektif, dan telah mengalami penyempurnaan selama bertahun-tahun. Perkembangan teknologi sekuensing dimulai dan semi-automatic sequencer yang pertama pada tahun 1987, dilanjutkan dengan Taq Cycle sequencing pada tahun 1990. Pelabelan Flourescen fragmen DNA dengan Sanger dideoxy Chain Termination Method, merupakan dasar bagi proyek sekuensing skala besar (Venter et. al., 199). Seluruh perkembangan tersebut sia-sia saja tanpa obyek yang diteliti, yang memiliki nilai komersil tinggi dan data yang berlimpah. Gampang ditebak, pasti Manusia melalui Human Genome Project.

Selain perkembangan dalam bidang Genomik, Bioinformatika sangat dipengaruhi oleh perkembangan di bidang teknologi informasi dan komputer. Pada fase awal (sekitar tahun 80-an) perkembangan yang paling signifikan adalah kapasitas penyimpanan data. Dari hanya baeberapa puluh byte (1980), hingga mencapai Terabyte (1 terabyte=1 trilyun byte), Setelah pembuatan database, selanjutnya dimulai perkembangan pemuatan perangkat lunak untuk mengolah data. Awalnya, metode yang digunakan hanya pencariaan kata kunci, dan kalimat pendek. perkembangan selanjutnya berupa perangkat lunak dengan algoritma yang lebih kompleks, seperti penyandian nukleotida, menjadi asam-asam amino, kemudian membuat struktur proteinnya. Saat ini, perangkat lunak yang tersedia meliputi pembacaan sekuens nukleotida dari gel elektroforesis, prediksi kode protein, identifikasi primer, perbandingan sekuens, analisis kekerabatan, pengenalan pola dan prediksi struktur. Dengan perkembangan seperti diatas, ternyata masih belum cukup. Kurangnya pemahaman terhadap sistem biologis dan organisasi molekular membua analisis sekuens masih mengalami kesulitan. Perbandingan sekuens antar spesies masih sulit akibat variabilitas DNA.

Usaha yang dilakukan saat ini, baru mencoba mempelajari eori-teori tersebut melalui proses inferensi, penyesuaian model, dan belajar dari contoh yang tersedia (Baldi & Brunac, 1998). Perkembangan perangkat keras komputer juga berperan sangat penting. Kecepatan prosesor, kapasitas RAM, dan kartu grafik merupakan salah satu pendorong majunya bioinformatika. Terakhir perkembangan bioinformatika sangat dipengaruhi oleh pertumbuhan jaringan Internet. Mulai dari e-mail, FTP, Telnet (1980-an), Gopher, WAIS, hingga ditemukannya World Wide Web oleh Tim Berners-Lee pada tahun 1990, mendukung kemudahan transfer data yang cepat dan mudah. Saat ini, telah tersedia sekitar 400 database biologis yang dapat diakses melalui internet.

D. Potensi dan Aplikasi Bioinformatika

Potensi komersial dari aplikasi bioinformatika sangat menggiurkan. Pada tahun 1998 saja, pangsa pasarnya mencapai sekitar $290 juta, dan diperkirakan akan mencapai $2 milyar pada tahun 2005. Selama bulan Maret tahun 2000 investasi pada bidang ini sedikitberkurang. Hal tersebut disebabkan oleh pernyataan Presiden AS Bill Clinton dan PM Inggris Tony Blair, yang membebaskan akses terhadap informasi genom manusia sehingga dianggap menghalangi paten terhadap genom manusia. Tapi, pada akhir bulan, investasi mulai kembali normal karena bioinformatika masih dianggap cukup prospektif di masa depan.Menurut laporan Ventureone di Amerika Serikat pada tahun 2001 dana-dana ventura telah mencapai $700 juta digunakan untuk pengembangan bioinformatika.Sementara itu, kepala Divisi Teknologi Khusus untuk Bioinformatika yang pertama di Microsoft menganggap, ini adalah peluang yang amat besar. Penjualan komputer untuk ilmuwan-ilmuwan akan mencapai $43 juta.

E. aplikasi bioinformatika

1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik. Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen, yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen tersebut.
2. Pasien sebagai komoditas, Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui, sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen, Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik, atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.

F. Permasalahan dan tantangan yang dihadapi

Perkembangan yang sedemikian pesat menghasilkan berbagai teknik dan perangkat baru dalam melakukan manajemen dan analisis data. Karena beragamnya teknik dan perangkat tersebut, terjadi kesulitan dalam perbandingan, penyimpanan, dan analisis data dari berbagai platform (Ladd, 2000).

Usaha standarisasi sedang dilakukan belakangan ini. Salah satu usaha standarisasi yang paling terkenal adalah BioStandard Project yang dilakukan oleh European Bioinformatics Institute (Cambridge, UK). Proyek ini didanai oleh European Bioinformatics Institute, The European Commission, dan beberapa perusahaan farmasi. Dalam proyek tersebut, dilakukan pengembangan perangkat lunak pengolah data yang sesuai dengan standar saat ini maupun masa depan (Murray-Rust, 1994)

Selain standarisasi, bioinformatika juga memiliki masalah lain, yaitu pengolahan data. Saat ini, data yang berhasil dikumpulkan saat ini, sehingga membutuhkan waktu yang sangat lama untuk dianalisis. Data dasar yang diperoleh dari data genomik hanya berupa sekumpulan simbol A, G, T, dan C yang jumlahnya mencapai milyaran bahkan trilyunan. Kesulitannya adalah bagaimana merubah simbol tersebut menjadi -misalnya- gen penyakit asma. Proses menganalisis data genomik menjadi informasi yang dapat dimengerti biasa disebut Data Mining.

Dalam proses Data Mining digunakan teknologi pengenalan pola (Pattern Recognition Technology) dan analisis statistika untuk mengolah data dalam jumlah banyak (Wedin, 1999). Tujuan dari Data mining adalah untuk mencari korelasi baru, pola, dan trend.

Permasalahan lain pun muncul menghadang. Sebagai disiplin ilmu yang baru terbentuk, bioinformatika kekurangan SDM yang kompeten. Hal tersebut dijelaskan oleh Craig Benham, seorang Profesor pada sekolah kedokteran Mount Sinai di New York. Ia mengajar bioinformatika aplikasi teknologi informasi. Seperti dijelaskan Benham, ia pada tahun 2000-2001 tidak memiliki murid di program pasca sarjananya. Padahal, diprediksikan bidang ini membutuhkan sekitar 20.000 tenaga kerja terlatih yang kompeten dalam bidang biologi sekaligus ilmu komputer.

Bagaimana dengan Indonesia? Saat ini, jarang sekali (adakah???) orang yang kompeten dalam bidang biologi sekaligus dalam bidang ilmu komputer. Walaupun ada, karena terbatasnya sarana, mungkin akan sulit bagi orang tersebut untuk mengekspresikan kemampuannya. Padahal sebagai negara Mega Diversity Indonesia menjadi sasaran bagi para peneliti asing. Saat ini, sedang berlangsung perlombaan untuk mendapatkan paten terhadap data keanekaragaman gen untuk kepentingan komersial. Akankah kita membeli harta sendiri di masa depan?

Sumber :

• http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika
• http://himbioui1.tripod.com/bioinformatika.html

Readmore → Bioinformatika

Bahaya Makan MIe Instan

        
        ngomong-ngomon soal mie instan, saya juga salah satu penggemar mie instan loh. Saya sangat sering sekali mengkonsumsi mie instan, kata orang makan mie instan berbahaya karena dapat merusak kesehatan, tetapi saya tidak tau kenapa mie instan itu berbahaya. Oleh karena itu saya mencari apa sih yang membahayakan dari mie instan ?? mungkin setelah saya tau, saya akan kapok makan mie instan, dan tenyata benar setelah saya tau saya mengurangi konsumsi mie instan untuk tubuh saya. karena dalam mie instan mengandung banhya zat yang dapat merusak kesehatan, bukan hanya pada bagian perut, pada otak kita pun berbahaya, oleh karena itu saya memposting ini untuk mengingatkan teman-teman agar dapat memilih makanan yang sehat.

Kandungan Mie Instan
Mie dibuat dari campuran tepung, minyak sayur, garam, dan beberapa bahan aditif seperti natrium polifosfat (berfungsi sebagai pengemulsi/penstabil), natrium karbonat dan kalium karbonat yang berfungsi sebagai pengatur asam.Selain itu, mie juga ditambahkan zat pewarna kuning (tartrazine).

Selain mie itu sendiri, ada pula bumbu mie yang banyak mengandung garam, cabe, dan bumbu-bumbu lain. Bumbu mie instan juga tak lepas dari zat aditif makanan seperti MSG (monosodium glutamat) yang berfungsi sebagai penguat rasa.

Kandungan-kandungan yang berbahaya tersebut sangat tidak baik dikonsumsi oleh tubuh. Apalagi jika kita mengkonsumsi mie instan dalam waktu yang lama dengn intensitas yang sangat tinggi. Pastinya penyakit akan mudah dan hinggap di tubuh kita.

Bukannkah menakut-nakuti tetapi pilihan hidup sehat masih terbuka luas. Sayuran hijau masih banyak yang bisa kita konsumsi. Lebih baik mengkonsumsi sayuran yang banyak daripada mengkonsumsi mie instan yang banyak. Jika kita terlalu banyak mengkonsumsi mie maka bahaya makan mie instan tidak dapat kita hindari.

Bahaya Makan Mie Instan
Beberapa penyakit berikut ditengarai akibat terlalu banyak makan mie instan.

• Penyebab kanker
Mie instan yang beredar saat ini, ternyata cukup membahayakan. Telah diketahui bahwa permukaan mie instan dilapisi oleh lilin. Inilah kenapa mie tidak pernah lengket satu sama lain.
Lilin ini sangat membahayakan kesehatan tubuh, karena tubuh kita butuh waktu lama untuk mencerna lilin ini, yakni sekitar dua hari.

Jika zat ini terus menumpuk dalam tubuh, kemungkinan kita untuk terkena penyakit kanker sangatlah tinggi. Misalnya, kanker hati, usus, atau leukimia. Tak hanya lilin dari mie instan. Bumbunya pun yang mengandung banyak zat aditif seperti MSG yang bisa menjadi pemicu kanker dalam tubuh.
Banyak kasus nyata tentang orang yang sakit dan diduga disebabkan karena terlalu banyak mengkonsumsi mie instan. Karena itu, sebaiknya Anda pun mulai mengurangi mengkonsumsi makanan ini

• Chinese restaurant syndrome
Bahaya makan mie instan yang satu ini lebih mirip keracunan. Hal ini disebabkan oleh MSG yang terdapat pada bumbu mie instan.
Ada beberapa orang yang tidak tahan dengan MSG, lalu kemudian merasa pusing dan sesak nafas. Namun penyakit ini tidak terlalu fatal, karena akan sembuh setelah 2-3 jam kemudian.

• Kerusakan jaringan otak
Mengkonsumsi mie instan terus-menerus sama dengan menumpuk zat-zat kimia berbahaya dalam tubuh dan efeknya bisa merusakkan sel-sel jaringan otak. Akibatnya, akan terjadi penurunan transmisi sinyal dalam otak.
Selain itu, kerusakan jaringan sel otak ini juga akan memicu penyakit-penyakit lain seperti stroke atau keumpuhan.

Tips Makan Mie Instan
Untuk meminimalisir bahaya makan mie instan, berikut ada beberapa tips mudah yang bisa Anda ikuti.

1.Beri jangka waktu
Jika Anda memang tidak bisa lepas dari konsumsi mie instan, sebaiknya jangan setiap hari memakannya. Setelah makan mie instan, beri jangka waktu sekitar 3 hari bila ingin memakannya lagi.
Hal ini bertujuan untuk memberi waktu bagi tubuh agar bisa mencerna lilin (pelapis mie) sampai benar-benar habis dan tidak menumpuk di tubuh. Penumpukkan lilin sangat berbahaya bagi tubuh.
Lebih baik menjaga kesehatan daripada nikmat sesaat. Kita masih bisa mengkonsumsi mie dengan intensitas yang tidak sering. Seperti dengan mengkonsumsi mie instan dengan jarak tiga hari sekali juga termasuk langkah awal yang bagus menuju hidup sehat. Ingat bahaya makan mie instan selalu mengawasi kita.

2. Tiriskan dan bilas
Saat memasak mie instan, Anda tentu merebus mie terlebih dahulu dengan air mendidih. Setelah mie instan yang anda masak tersebut telah matang jangan langsung mengkonsumsinya. Bahaya makan mie instan yang ada kandungan lilinnya selalu mengancam anda. Jadi tiriskan dulu mie yang telah matang tersebut.
Untuk mie instan goreng, setelah mie masak, tiriskan lalu bilas lagi dengan air bersih yang tentunya sudah matang.

Untuk mie instan kuah, setelah mie matang, jangan langsung dibubuhi bumbu mie instan. Tiriskan dahulu mie-nya, lalu buang air sisa perebusan mie. Untuk kuah, Anda bisa memakai air panas yang baru.
Perlakuan ini untuk meminimalisir masuknya zat lilin ke dalam tubuh. Saat mie direbus, lilin bisa lepas dari mie dan menyatu dengan air rebusan. Itulah sebabnya, sebaiknya jangan mengkonsumsi air rebusan mie.
Selain itu, ada sebagian orang yang lebih suka memakan mie instan dengan kondisi yang masih kriuk-kriuk. Ini juga perlu berhati-hati karena bahaya makan mie instan lebih besar dibanding yang makan matang. Disarankan untuk memasaknya dalam bentung matang dan bukan setengah matang.

Kinerja organ pencernaan akan lebih berat jika kita mengkonsumsi mie instan dalam kondisi setengah matang. Bahkan bagi sebagian orang yang memang kondisi organ pencernaannya kurang baik akan terasa mules dan sering buang air besar jika memakan mie instan dalam kondisi setengah matang.

3. Jangan mencampur bumbu ketika masak
Memasak mie instan memang menyenangkan. Apalagi ketika mie instan sudah matang. Namun perlu sedikit diketahui bahwa ketika memasak mie instan jangan mencampurkan bumbu yang ada pad instan dalam kondisi memasak.

Pada bumbu mie instan juga terdapat kandungan berbahaya yang akan semakin aktif ketika dimasak dalam suhu yang tinggi. Untuk mengurangi bahayanya biasanya dalam mencampurkan bumbu tersebut dicampurkan ketika mie instan sudah diangkat dari kompor.

Hal ini dilakukan untuk mengurangi bahaya dari bumbu mie instan. Namun kebanyakan orang tidak mengetahuinya. Padahal jika kita mau membaca pada label kemasan mie instan juga sudah dianjurkan untuk mencampurkan bumbu setelah diangkat dari kompor.

Jika anda jeli dan teliti, silahkan dilihat pada semua kemasan produk mie instan. Semuanya memberikan panduan dalam pencampuran bumbu ketika mie instan sudah ditiriskan atau sudah diangkat dari kompor. Oleh sebab itu, ikutilah petunjuk pemakaian setiap produk yang anda beli.

Belajar Hidup Sehat

Hidup sehat tidaklah repot dan mahal. Belajar hidup sehat bisa dimulai dari belajar mempelajari makanan apa saja yang kita makan. Makanan yang kita makan hendaklah merupakan makanan yang alami atau nature.
Alam menyediakan banyak sekali makanan yang bisa kita jadikan makanan. Mulai dari tumbuhan hingga hewan, semuanya bisa kita makan. Manusia merupakan konsumen tertinggi, jadi sangat wajar jika apa saja bisa kita makan.

Dalam makan, tentunya tidak asal makan. Semua makanan haruslah dimakan secara seimbang agar hidup sehat dapat tercapai. Makanan sehat tidak berarti makanan yang mahal. Makanan yang sehat justru sangat murah. Contohnya saja sayuran yang kita makan bisa kita beli dengan harga relatif murah. Bahkan di pedesaan, tidak perlu membeli sayuran. Sayuran bisa didapatkan hanya dengan memetiknya saja di belakang halaman rumah.

Jika kita hidup diperkotaan, kita juga bisa memanfaat pot atau lahan di samping rumah atau halaman rumah untuk ditanam sayuran. Selain sebagai bahan pokok dapur, juga mampu memberikan penghijauan di sekitar rumah kita. Sungguh asri pastinya dan sejuk.

Ternyata hidup sehat tidaklah mahal. Lebih baik membudayakan hidup sehat dari pada kita terus dibayangi bahaya makan mie instan. Jika perut kita lapar, hendaknya sediakan roti atau karbohidrat lainnya sebagai pengganti mie instan karena bahaya makan mie instan sangatlah tinggi.
sumber

Readmore → Bahaya Makan MIe Instan

Cara Mengobati Bintitan Pada Mata

Behubung saya kemarin mengalami bintitan pada mata saya hehe (curhat). Jadi Pada kali  ini, saya ingin memposting bagaimana cara mengobati Bintitan pada mata. Bintitan pada mata di sebabkan adanya bakteri ataupun kotoran/debu yang masuk ke mata. Bukan karena ngintip orang mandi ya !! hahaha

Memang bintitan bukan penyakit yang berbahaya seperti jantung ataupun kanker. Tetapi jika sudah bintitan pandangan pun jadi terganggu tidak jernih, dan pemandangan orang lain pun ikut terganggu karena melihat gundukan daging kecil di bawah mata.

Gejala bintitan pada mata umumnya berupa :

1. Rasa gatal disertai sedikit nyeri pada pinggir kelopak mata di tempat bulu mata tumbuh.
2. Inflamasi kecil yang kemudian bertambah besar seperti bisul yang kerap kali pecah sendiri.
3. Rasa nyut-nyutan pada mata ketika menundukan kepala.

Berikut cara mengobati mata yang bintitan adalah:

1. Kompres mata dengan handuk hangat kira-kira 15 menit.

2. Gunakan garnier eye roll-on pada mata yang bintitan.

3. Teteskan dengan obat mata seperti insto, visine dll menjelang tidur.

4. Bawang Putih. Oleskan pada bagian mata yang bintitan.

5. Jaga kebersihan wajah anda, (sering cuci muka).

Terbukti pada kondisi mata saya sekarang sudah sembuh !!! hahaha Semoga cara diatas bermanfaat..

referensi :

http://akimlinovsisa.wordpress.com/2011/10/31/cara-mengobati-bintitan-pada-mata/

Readmore → Cara Mengobati Bintitan Pada Mata